Trường thpt dân lập phương nam được thành lập theo quyết định số 2223/QĐ-UB ngày 4 tháng 6 năm 1998 của ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội lấy tên là trường phổ thông trung học dân lập Phương Nam địa điểm đặt tại tổ 14 phường Phương Liệt quận Thanh Xuân thành phố Hà Nội.

Trường thpt dân lập Phương Nam nằm trong hệ thống các trường phổ thông của Thành phố, có trách nhiệm thực hiện đúng nhiệm vụ và quy chế của Bộ Giáo dục và Đào tạo về trường phổ thông dân lập.

Trường thpt dân lập Phương Nam chịu sự chỉ đạo quản lý Nhà nước và quản lý chuyên môn của Sở Giáo dục và đào tạo Hà Nội, được mở tài khoản tại ngân hàng và sử dụng con dấu riêng theo qui định của Nhà nước.

Năm 2001 trường THPT dân lập Phương Nam chuyển địa điểm về Lô 18 khu độ thị mới Định Công, Hoàng Mai, Hà Nội trong khuôn viên rộng 16.500m²

Ngày 24 tháng 7 năm 2003 theo quyết định số 4285/QĐ-UB của Ủy ban Nhân dân Thành Phố Hà Nội trường phổ thông trung học dân lập Phương Nam được đổi tên thành Trường trung học phổ thông dân lập Phương Nam.

Ngày 13 tháng 6 năm 2013 theo quyết định số 3720/QĐ-UBND của Ủy ban Nhân dân Thành phố Hà Nội trường THPT dân lập Phương Nam được phép chuyển đổi từ loại hình trường dân lập sang loại hình trường tư thục và đổi tên trường thành trường trung học phổ thông Phương Nam có trụ sở chính đặt tại Lô 18, khu đô thị mới Định Công, phường Định Công, quận Hoàng Mai, thành phố Hà Nội.

Logo thương hiệu trường THPT dân lập Phương Nam

Măng non: tượng trưng cho thế hệ tương lai của nước Việt Nam

Hình tượng sách vở: tượng trưng cho học vấn, tri thức, giáo dục, giảng dạy.

Khối hình tròn: tượng trưng cho trái đất, cho thế giới.

P, N: là viết tắt của hai chữ Phương Nam

Đồng phục trường THPT dân lập Phương Nam:

Đồng phục nam: quần âu dài, áo sơ mi trắng 1 dài tay và 1 cộc tay

Đồng phục nữ: áo trắng 1 dài tay, 1 cộc tay, 1 quần âu dài và 1 váy ngắn trẻ trung năng động.

Chất liệu vải do công ty của Hàn Quốc nhập khẩu trực tiếp.